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L'Histoire de l'Univers Matoran s'étend sur une centaine de millénaires et est remplie de puissantes factions, d'incroyables aventures, et de luttes difficiles.
Création de l'Univers Matoran
Il y a plus de cent mille ans, les Grands Êtres obtinrent un échantillon de Protodermis Énergisé du cœur de leur planète, Spherus Magna. Après avoir réussi à le synthétiser, ils commencèrent la création de Mata Nui sur leur planète-mère. À l'intérieur du corps gigantesque de Mata Nui, les Grands Êtres formèrent un immense système de Domes souterrains, par la suite connu sous le nom d'Univers Matoran.
La première espèce que les Grands Êtres créèrent fut les Matoran, qui furent rendus uniques parmi les autres habitants de l'univers. La première espèce de Matoran créée fut les Av-Matoran, des Matoran de Lumière, ce qui fut rapidement par la création d'autres Matoran représentant des éléments. Pendant cette période de construction de l'univers, les Grands Êtres choisirent de créer une créature d'un immense pouvoir nommée Tren Krom. Le plaçant dans le cœur de l'univers, ils le chargèrent de fournir la vie et l'énergie dans les dômes nouvellement formés. Rapidement, le Grand Esprit Mata Nui fut presque achevé. Après la création des Matoran, les Grands Êtres créèrent deux êtres similaires qui furent nommés Artakha et Karzahni - qui font actuellement partie des êtres les plus vieux de l'Univers Matoran. Une légende raconte qu'ils se combattirent pour posséder le Masque de la Création, et qu'Artakha gagna la bataille, laissant à Karzahni le Kanohi Olisi -- le Masque des Futurs Alternatifs. Karzahni et son frère Artakha reçurent ensuite des devoirs spécifiques à accomplir dans l'univers, et ils construisirent tous deux des royaumes qu'ils dirigeraient selon leur bonne volonté. Artakha créa un refuge pour les bons Matoran, un endroit où aucune ténèbre ne pourrait entrer (son royaume fut nommé Artakha, d'après lui), et Karzahni fit de son royaume un endroit où les Matoran pourraient venir pour être réparés en cas de blessure, et aussi où seraient envoyés les Matoran travaillant mal -- un endroit qui deviendrait par la suite un royaume de ténèbres et de désespoir (il fut nommé Karzahni). Par la suite, les deux îles furent perdues et oubliées, sauf dans de vagues mythes et légendes Matoran.
Durant cette période de la préhistoire Matoran, les Grands Êtres prirent un peu de la substance utilisée pour former les Matoran et l'utilisèrent pour créer une nouvelle forme de vie, qui fut par la suite baptisée Krana. Intégralement organiques, ils servirent par la suite d'esprits aux essaims Bohrok mécaniques (qui furent créés plus tard). Une conséquence de leur création fut la formation des Zyglak - des créatures hideuses ressemblant à des lézards, avec une nature maléfique contrairement aux Matoran (qui sont, d'une certaine manière, liés à eux). Ce fut à ce moment de l'histoire qu'une force protectrice se révéla nécessaire pour protéger les Matoran du mal et de la violence. L'organisation nommée Main d'Artakha fut donc formée. Constituée de divers êtres héroïques et puissants, dont Axonn et le maître d'armes Hydraxon, ce groupe défendait les principes de justice et de courage par la suite repris par les Toa.
Fondation de Metru Nui
Une fois ces choses accomplies, les Grands Êtres se lancèrent dans une nouvelle tâche - la fondation de la cité qui prendrait le nom de Metru Nui, la Cité des Légendes. Les Grands Êtres posèrent les fondations de ce point focal de l'Univers Matoran et chargèrent les Matoran de construirent la grande cité. Ce fut durant cette période que les Grands Êtres créèrent la première Toa, Helryx, à Artakha et lancèrent le processus permettant aux Matoran de devenir des héros et d'accomplir leur destinée en tant que protecteurs du bien dans l'univers. Helryx fut envoyé à Metru Nui, partiellement construite, où elle aida les Matoran à construire tout d'abord Ta-Metru, puis Ga-Metru. Les premières créatures Rahi - des créatures marines gigantesques et très puissantes - furent ensuite créées pour habiter les profondeurs de la Mer d'Argent. Cela fut suivi par la création d'autres Rahi, plus petits et plus particuliers, et le premier fut par la suite nommée Tortue de Guerre de la Fosse. L'Univers Matoran fut finalement rempli, et les diverses îles étaient presque finies et les Matoran s'établissaient sur les continents et les îles. Ce fut durant cette période que les Av-Matoran entrèrent et colonisèrent Karda Nui, le Cœur de l'Univers.
Départ des Grands Êtres
À ce moment pivot de l'histoire, les Grands Êtres entreprirent leur dernière création et forgèrent le Kanohi Ignika, le Masque de Vie. Chauffé par des feux ne mourrant jamais et refroidi dans des cavernes de glace, le Masque de Vie habritait le pouvoir sur toute vie dans l'univers, et son sort pouvait décider de la destinée de toutes les créations des Grands Êtres. Alors que les Matoran travaillaient, deux Grands Êtres apportèrent l'Ignika sur le Continent Sud, où ils le cachèrent en secret, et où il fut préservé longtemps sous le Mont Valmai, gardé par Umbra, attendant la venue de ses porteurs destinés, et l'accomplissement de sa propre destinée. Ce fut avec cet acte final de création que les Grands Êtres finirent l'univers qu'ils avaient commencé, et ils partirent, peut-être pour toujours.
Cependant, tous les Grands Êtres ne quittèrent pas l'univers. Un Grand Être était curieux quant au fonctionnement interne du robot, et transféra sa conscience dans un corps de Matoran. Il prit le nom Velika et commença à se faire passer pour un Po-Matoran pour observer le fonctionnement de l'univers. Il fut responsable du développement de la sapience et de la culture des Matoran et des autres habitants nanotechnologiques de l'univers.
Venue de Mata Nui
Peu après, le Grand Esprit Mata Nui, qui était présent depuis le début de l'univers, mais était resté dormant, fut « amené à la vie », remplaçant Tren Krom, qui fut emprisonné sur une île et devint un mythe. À ce moment de l'histoire, les légendes racontent que les Matoran « travaillaient dans les ténèbres », et vivaient dans la peine. Les ouvriers efficaces et capables étaient récompensés et envoyés vivre dans le royaume d'Artakha, surnommé le Grand Refuge, pour travailler en sécurité et heureux dans la lumière, alors que les Matoran qui étaient endommagés ou fainéants étaient envoyés au sombre royaume de Karzahni, où ils étaient supposés être réparés et apprendre à mieux travailler. Bien que ce soit la tâche de Karzahni de réparer ces Matoran, il n'était pas efficace à faire cela. Il échouait à réparer correctement les Matoran, et Karzahni reconstruisit simplement ces Matoran sous de nouvelles formes. Cependant, il était apparent que ces Matoran reconstruits étaient plus faibles et avaient l'air hideux et déformés. Pour compenser cela, Karzahni leur donna des armes pour se défendre. Deçu de son œivre, Karzahni refusa de les renvoyer d'où ils venaient, et les envoya au Continent Sud, où ils vécurent reclus. Les Turaga des Matoran disparus remarquèrent que les Matoran envoyés à Karzahni ne revenaient pas, et arrêtèrent donc de lui envoyer des Matoran. Frustré par ce manque de travail, Karzahni devint amer et colèrique, blamant les Matoran pour ses échecs, se trompant lui-même en pensant qu'ils n'étaient pas destinés à être réparés. Ensuite, Karzahni retint captifs les Matoran qu'il lui restait, les réduisant en esclavage pour fortifier son propre royaume pour ses buts sinistres, et attendant tout Matoran qui pourrait s'aventurer dans ses pièges.
Pendant cette période de changement, la Main d'Artakha fut dissoute et remplacée par le nombre grandissant de Toa dans l'univers. Beaucoup de ses membres furent ensuite recrutés par l'Ordre de Mata Nui, une organisation formée en secret pour servir la volonté du Grand Esprit. Peu après, la puissante race d'êtres nommés Makuta, dont Teridax, fut créée par Mata Nui. Ils se réunirent pour former la Confrérie des Makuta, dont la tâche était de créer et de modifier des êtres (spécifiquement des Rahi) pour que l'univers continue à fonctionner sans problèmes. La cité de Metru Nui fut complètement achevée durant cette période, et la Confrérie jura de protéger les Matoran qui vivait là et dans tout l'univers. La première alliance de Toa dans une équipe eut ensuite lieu -- une tradition qui durerait pour le reste de l'histoire -- et les premiers Canisters Toa furent construits par les Matoran pour que les Toa se déplacent.
Vers cette période, la première équipe de Toa, les Toa Cordak, fut formée. Alors qu'elle combattait un groupe de Zyglak, le chef de l'équipe, Lesovikk, hésita un moment et tous les autres membres de l'équipe furent tués. Par culpabilité, Lesovikk commença alors à voyager dans l'univers.
Création des Toa Mata
Durant cette période les six Toa qui seraient par la suite nommés Toa Mata furent créés dans le royaume d'Artakha, et furent amenés à la vie sur l'île de Daxia, le quartier général de l'Ordre de Mata Nui. Ces Toa, nommés d'après leurs propres éléments et considérés comme avatars de ces éléments, furent créés comme tels directement, et ne vécurent jamais sous forme de Matoran. C'était parce que leur destinée était unique dans l'histoire des Toa, bien qu'ils l'ignorent à cette époque, et durant un temps, ils protégèrent les Av-Matoran de Karda Nui.
Avant qu'ils ne soient actifs à Karda Nui, les Toa Mata furent entraînés par le maître d'armes Hydraxon en préparation pour leur but ultime. Finalement Tahu, le chef de l'équipe, et Kopaka, fatigués que la vérité de leur destinée leur soit cachée, recherchèrent ensemble la première Toa, Helryx, demandant la raison de leur existence. Helryx leur révéla leur but crucial, leur parlant du mystérieux Codrex, une sphère argentée géante créée par les Grands Êtres à Karda Nui, où leur voyage commencerait.
Finalement, les Toa Mata arrivèrent au commencement de leur vraie destinée. Ensemble,, ils entrèrent dans le Codrex, et Tahu et Kopaka racontèrent à leurs frères Toa qu'ils seraient mis dans des canisters, en stase. Ils étaient destinés à y attendre jusqu'à ce qu'ils soient appelés, afin de restaurer Mata Nui s'il était jamais renversé, sauvant l'univers des ténèbres éternelles. Après que cette sécurité ait été mise en place, les jumelles Bahrag, reines des essaims Bohrok, furent créées, et furent mises en sommeil avec les essaims, attendant d'être éveillées.
Ligue des Six Royaumes
Presque 95 000 ans avant le temps présent, le Grand Esprit Mata Nui créa six nouvelles espèces intelligentes, chacune avec ses propres traits et capacités spécifiques. Parmi ces nouvelles races que Mata Nui avait créé, il choisit six individus pour mener et diriger, dont la tâche serait de garantir la paix et l'ordre dans l'Univers Matoran. Ces nouveaux chefs, nommés Pridak, Kalmah, Mantax, Ehlek, Carapar, et Takadox, rassemblèrent six grandes armées et commencèrent une gigantesque campagne militaire, conquérant un empire s'étendant sur la plus grande partie de l'univers connu. Ils furent nommés Barraki, ce qui signifie « seigneurs de guerre » dans le Langage Matoran.
La campagne des Barraki dura presque un millénaire, et après cela, les six Barraki formèrent une alliance entre eux nommée Ligue des Six Royaumes. Dirigée par Pridak, cette ligue dura plus de 14 millénaires avant d'être dissoute. Alors que les Barraki exerçaient leur pouvoir, il devint apparent que les méthodes qu'ils utilisaient pour atteindre leurs buts étaient loin d'être paisibles, et qu'ils avaient un désir de richesse, de domination tyrannique, et encore plus sinistre, de renverser le Grand Esprit lui-même. Leur pouvoir les avait corrompus. Voyant ce qui leur était arrivé, la Confrérie engagea Takadox pour espionner la Ligue.
Les seigneurs de guerre étendirent leur contrôle sur l'univers, prenant tout ce qu'ils pouvaient, et régnant d'une main de fer. Pendant cette période, vers le milieu du règne des seigneurs de guerre, les dirigeants de Metru Nui acceptèrent un contrat commercial avec les Barraki pour garder leur souveraineté et leur liberté d'un gouvernement direct par la Ligue.
Cet état totalitariste continua durant sept autres millénaires, jusqu'à ce que la Confrérie des Makuta, sous la direction de Makuta Miserix, prenne les choses en mains. Ils apprirent de Takadox que les Barraki prévoyaient de renverser Mata Nui sous peu. La Confrérie avait coopéré avec la Ligue depuis sa formation par Pridak, fournissant des Rahi aux royaumes des Barraki, mais les seigneurs de guerre avaient dépassé les limites. Les armées de la Confrérie attaquèrent leurs forteresses. Accompagnés de Toa et menée par le puissant Makuta Teridax, la Confrérie surpassa les Barraki lors d'une attaque surprise. Leurs armées vaincues et repoussées, les six seigneurs de guerre furent amenés ligotés devant Teridax. Ce fut à ce moment que les Barraki, suppliant d'épargner leurs vies, révélèrent au Makuta leur désir ultime de renverser le Grand Esprit. Teridax rejeta leurs offres traîtresses, et les condamna à mort pour leurs crimes contre Mata Nui, mais allait épargner Takadox pour les informations qu'il avait fourni à la Confrérie. Mais avant que cela ne puisse être accompli, un étrange être se nommant Botar apparut soudainement devant le Makuta, enveloppa les Barraki avec des liens d'énergie, et disparut avec les seigneurs de guerre pour les emmener à une sentence éternelle à la Fosse. Les Barraki s'effacèrent de l'histoire, et bien qu'ils soient désormais oubliés, leurs idées restèrent dans l'esprit de Teridax.
Gorast et Mutran furent envoyés nettoyer les forteresses de la Ligue. Alors qu'ils travaillaient sur celle de Kalmah, Mutran remarqua quelque chose de très étrange : les Fouisseurs Tranchants qu'il avait créé pour Kalmah semblaient créer une carte sans fin. Mutran essayera par la suite de faire en sorte qu'un Toa portant un Rau découvre ce qu'ils faisaient, mais les créatures elles-même semblaient l'ignorer.
Création des Chasseurs de l'Ombre
Sur une île pleine de ténèbres, mais paisible, l'être qui prendra par la suite le nom de code Ancien décida de se rebeller contre les lois strictes de chez lui, et commença à faire le sale boulot pour celui qui offrait le plus. Cette série d'actes finit par causer une guerre civile.
Après la fin de la guerre, un autre citoyen de l'île le contacta avec l'idée de créer une organisation faisant ce qu'Ancien avait fait : faire le sale boulot contre une bonne paye. L'idée des Chasseurs de l'Ombre était ainsi née.
Tous deux découvrirent une île nommée Odina, et enlevèrent ses habitants de force. Ils construisirent une base fortifiée sur l'île. Le groupe s'agrandit rapidement, à partir de groupes d'êtres corrompus ; des Toa renégats, des tyrans bestiaux, des meurtriers sadiques, des criminels convaincus, des vagabonds fous et tout autre genre d'êtres. Ce groupe prit le nom de Chasseurs de l'Ombre.
Grande Dépression
Avec la chute de la Ligue des Six Royaumes, une des forces les plus puissantes et les plus influentes de l'univers, un vide de commandement fut créé. Dissensions, mécontentement, et désordre se répandirent sur les îles, atteignant le cœur de la civilisation Matoran : Metru Nui elle-même. Cinq cent ans après la défaite des Barraki, la période connue sous le nom de Grande Dépression commença donc. Lancée par la Guerre Civile Matoran, la Grande Dépression fut une période sombre pour l'univers. La guerre commença lorsque les Po-Matoran et les Ta-Matoran se disputèrent à cause du commerce et des frontières. Ensuite, les Matoran de la Pierre coulèrent une barge à Ta-Metru. Les Ga-Matoran et les Onu-Matoran rejoignirent les Matoran du Feu, alors que les Ko-Matoran et les Le-Matoran aidaient les Po-Matoran. Les Matoran cessèrent de travailler à Metru Nui, la cité tomba dans la violence, et le Grand Esprit Mata Nui fut grandement affaibli. Durant quatre cent ans, la guerre continua, jusqu'à ce que, de nouveau, la Confrérie des Makuta intervienne pour arranger la situation. La Confrérie, encore une fois représentée par Makuta Teridax, mâta rapidement les camps adverses lors d'un événement violent nommé le Massacre des Archives, et captura les les chefs de la Guerre Matoran, qui disparurent par la suite, envoyé dans les profondeurs de la Fosse. Les méthodes sanglantes employées par Teridax ébranlèrent la confiance des Matoran dans la Confrérie.
Les conséquences de la Grande Dépression furent encore plus étendues qu'il n'avait être prévu : le Grand Esprit avait tellement été affaibli par les événements de la Guerre Civile qu'il était proche de la mort. Un Toa du Magnétisme nommé Jovan fut donc chargé de mener un groupe de Toa au cœur du Continent Sud, au Mont Valmai. Sous la montagne, Jovan et son équipe découvrirent un labyrinthe de passages avec des tests, qu'ils passèrent avec succès. Ils finirent par arriver à la Chambre de la Vie, dans laquelle attendait le Kanohi Ignika, le Masque de Vie. Le groupe de Toa prit l'Ignika -- ceux qui n'étaient pas destinés à porter le masque souffrant des conséquences de le toucher -- et s'enfonça sous la surface du Continent, finissant dans Karda Nui : le Cœur de l'univers. Le Toa qui était destiné à porter l'Ignika le fit, avec peur et regret, et fut consumé par les énergies du masque. Son énergie vitale fut canalisée par le masque et fut utilisé pour redonner vie au Grand Esprit mourrant. La mort de leur frère Toa et le pouvoir terrifiant de l'Ignika choqua et terrifia les membres restants du groupe, qui ramenèrent le masque à sa chambre, et l'y laissèrent. Seul Jovan choisit de rester. Abandonnant son pouvoir pour un bien supérieur et devenant un Turaga, il s'installa parmi les Matoran qui vivaient près du Mont Valmai. Sa destinée fut accomplie et la destruction de l'univers empêchée.
Le Plan
Mutran reçut de nouveau une mission, cette fois celle de s'assurer que Tren Krom ne posait pas de menace à l'univers. Après être arrivé sur son île, Mutran fut immédiatement emporté et son savoir fut extrait de son esprit, mais ce faisant, une partie du savoir de Tren Krom fut donnée à Mutran. S'éveillant sur la côte rocheuse, Mutran repartit vers Destral. Ensuite, il partagea son nouveau savoir avec Teridax. Celui-ci ordonna une convocation immédiatement.
Tous les Makuta sur l'île vinrent. Teridax proclama qu'avec son savoir, les Makuta pourrait prendre le contrôle de l'univers. Miserix dit que la mise en action de cette idée pourrait détruire l'univers, et que Teridax tentait de le renverser. Les Makuta votèrent entre Teridax ou Miserix comme chef. De nombreux Makuta prirent parti pour Miserix, mais plus étaient pour l'idée de Teridax. Voyant qu'ils étaient en infériorité, les supporters de Miserix partirent dans le camp de Teridax. Spiriah et Krika reçurent l'ordre de tuer Miserix. Mais aucun d'entre eux n'en avait l'envie. Spiriah laissa cela à Krika, qui enferma Miserix sur Artidax.
Durant l'année suivante, Gorast et Icarax tuèrent les Makuta qui avaient pris parti pour Miserix lors de la convocation.
Transformation des Skakdi
À cette période, Spiriah se rendit compte que les Skakdi pourraient être une armée pour la Confrérie. Il utilisa donc des virus pour les altérer, leur donnant des capacités spéciales, et des pouvoirs élémentaires s'ils travaillaient ensemble. Spiriah décida de partir pendant une courte période, et laissa quelques Visorak pour maintenir l'ordre sur l'île. Cependant, les Skakdi se tournèrent contre les araignées, puis les uns contre les autres.
Lorsque Spiriah revint, l'île ressemblait à une zone de guerre. Il fut banni de la Confrérie pour avoir tué une race, les remplaçant par d'horribles monstres ne faisant que détruire.
Glissement de Temps
Un millénaire plus tard, l'Ordre de Mata Nui cacha plusieurs Av-Matoran dans tout l'Univers Matoran. Ce fut pendant cette période, Takua fut placé dans Metru Nui, déguisé en Ta-Matoran. Mata Nui lui-même effaça les souvenirs de la période d'environ six mois qu'il fallut à l'Ordre pour accomplir cette tâche.
Évolution des Makuta
À un certain moment, Makuta Bitil était en conférence avec d'autres Makuta, et après avoir été mis en colère, lança sa hache contre le mur. Lorsqu'il essaya de la récupérer, il se rendit compte qu'étrangement, il ne pouvait pas bouger son corps, et à leur horreur les autres Makuta se rendirent compte qu'ils étaient également incapables de bouger. Après avoir repris le contrôle de son corps, Makuta Chirox enleva une partie de l'armure de Kojol, découvrant une brume verdâtre à l'intérieur, et Chirox en prit une partie. Après beaucoup de tests, Chirox révéla que les Makuta avaient évolué, devenant une substance nommée Antidermis. Il dit aussi aux Makuta assemblés que si leur armure était endommagée, l'Antidermis s'échapperait et se répandrait, faisant mourir les Makuta. Peu après avoir appris cela, Teridax ordonna aux Fantômes de Nynrah de créer des armures plus renforcées pour abriter leur Antidermis.
Quelques temps plus tard, Mutran errait dans les corridors de la Forteresse de Destral lorsqu'il fut arrêté par un Exo-Toa. Mutran fut ensutie jeté dans le corridor par l'Exo-Toa, qui révéla qu'il était en fait Makuta Chirox. Chirox expliqua que puisque les Makuta étaient maintenant de l'énergie, ils pouvaient contrôler un robot ou un être mort à l'intérieur. Il tira ensuite un missile sur Mutran, qui marcha alors sur l'Exo-Toa et arracha son bras. Maudissant mentalement Mutran, Chirox retourna à son armure habituelle dans une autre pièce.
Gouvernance de Turaga Dume
Plus de 40 000 ans se passèrent sans événement notable sur Metru Nui, jusqu'à ce qu'un Turaga nommé Dume fut nommé chef de la Cité des Légendes. Chef expérimenté ayant servi comme Toa durant plus de 2 000 ans, (et ayant sauvé un Matoran nommé Lhikan au début de sa vie de Toa) Dume dirigea Metru Nui avec justesse et sagesse.
Dume fut par la suite aidé par Lhikan lorsqu'il devint un Toa.
Pierre Makoki
Un peu moins de 8 ans plus tard, un groupe de Toa s'assembla, incluant Lhikan, et décida de créer une pierre détaillant les pouvoirs des Makuta, leur localisation, et d'autres informations essentielles sur les Makuta. Il s'agissait de Toa ne faisant pas confiance à la Confrérie. Ils sculptèrent une pierre avec ce qu'ils avaient décidé, et la cachèrent dans une forteresse fortement gardé, placée sans qu'ils le sachent près d'un camp de Frostelus.
Quelques mois plus tard, le Ténébreux ordonna à un grand Chasseur de l'Ombre ailé d'obtenir la pierre, sachant que c'était un artefact d'une valeur inestimable. Alors qu'il était en chemin vers la base des Toa, le Chasseur, pour des raisons inconnues, informa le Skakdi Hakann de sa mission. Hakann eut la même idée que le Ténébreux, et engagea un autre Skakdi, Vezok, pour l'aider à l'obtenir. Ils escaladèrent la montagne, et rencontrèrent le premier garde. Ils l'assomèrent rapidement, puis le mirent contre le mur. Ensuite, ils continuèrent et virent de nombreux gardes gardant une pièce. Vezok leur abandonna Hakann, et ils se mirent en marche. Vezok les passa facilement. Ensuite, il arriva dans la pièce où la pierre était gardée. Il la prit, bien qu'ignorant ce dont il s'agissait. Il s'échappa de la forteresse, de justesse, et fut félicité de son évasion par un personnage flottant. Ancien prit la pierre, assomma Vezok, et ils partirent pour l'île d'Odina. Hakann s'échappa, mais fut rapidement capturé par les Chasseurs de l'Ombre.
Ensuite, les Frostelus attaquèrent la Forteresse. Un Toa dit à Lhikan de prendre la pierre et de s'échapper ; mais il était trop tard. La pierre était loin de l'île et ses coéquipiers furent tués. Ce jour-là, Lhikan jura de ne plus fuir quoi que ce soit de nouveau.
Commandement de Dume
Sous la direction de Turaga Dume, Metru Nui devint un centre d'innovation et d'invention. Les Archives d'Onu-Metru, un gigantesque musée et catalogue de toutes les espèces et objets connus de l'univers, furent étendues et améliorées. De nouvelles technologies, telles que les disques Kanoka, furent inventées, ainsi que des méthodes améliorées pour forger des Kanohi. La sécurité et la paix étaient maintenus par des gardiens robotiques. Le Matoran Nuparu avait conçu cette force de police, inventant tout d'abord les Kralhi, qui furent par la suite remplacés par les Vahki, plus efficaces.
Attaque du Dragon de Kanohi
Les Chasseurs de l'Ombre, formés depuis plus de 3000 ans, avait gagné en puissance et en influence. Le Ténébreux commença à s'intéresser à Metru Nui, une cité riche et le siège de la civilisation Matoran. Avec ce but à l'esprit, la première des nombreuses tentatives des Chasseurs de l'Ombre pour conquérir la cité fut lancée. Trois Chasseurs, Reidak, Vezok, et Avak, furent envoyés libérer une créature monstrueuse, connue sous le nom de Dragon de Kanohi, d'une prison de glace dans les profondeurs de la Mer d'Argent. Piégé là depuis la première fois où il avait attaqué la cité, la bête était restée endormie durant des millénaires innombrables.
Le Dragon, enragé, sortit des profondeurs, et sentant l'énergie venant de Metru Nui, il se dirigea discrètement vers la cité, finissant par se faire un chemin par les Archives souterraines. Le Dragon de Kanohi arriva ensuite à la surface et reprit son attaque sur la cité, répandant le chaos parmi les grandes tours et les bâtiments. Finalement, la bête atteignit le Grand Fourneau de Ta-Metru, où il s'installa pour se reposer et absorber la chaleur. Turaga Dume envoya immédiatement des messages demandant de l'aide et rassembla les Toa Mangai pour affronter le terrible monstre. Les Toa arrivèrent juste à temps pour sauver Turaga Dume des trois Chasseurs de l'Ombre, qui tentaient de faire chanter le Turaga pour obtenir une base dans la cité. Les Chasseurs s'échappèrent, laissant les Toa affronter le Dragon de Kanohi seuls.
Après une longue bataille épuisante, ils réussirent. Les quatre Toa de la Glace gela le Dragon de Kanohi dans un immense bloc de glace, mettant fin à ses destructions. Le dragon fut emporté à Xia, où il fut donné aux Vortixx pour qu'ils le gardent emprisonné. Les onze Toa décidèrent ensuite de rester dans la cité pour la défendre contre la menace grandissante des Chasseurs de l'Ombre.
Trahison de Tuyet
Pendant cette période, près de trois mille ans avant la création des Toa Inika, une série de meurtres de Matoran inexpliquables eut lieu à Metru Nui. Durant cette période, Toa Lhikan, Nidhiki et Tuyet étaient les seuls Toa dans la cité, le reste étant en mission ailleurs. Toutes les victimes furent trouvés avec une tablette gravée avec Toa Tuyet. Tuyet, la Toa de l'Eau, répondit à l'enquête de Lhikan en révélant que les Chasseurs de l'Ombre la poursuivaient, croyant qu'elle possédait un artefact très puissant - la Pierre Nui. Tuyet nia l'avoir, et dit également à Lhikan qu'ils la faisaient chanter pour obtenir la Pierre Nui sous quelques jours ou plus de Matoran mourraient. Chaque meurtre représentait un compte à rebours. Le jour suivant, Lhikan et Nidhiki rencontrèrent et capturèrent trois Chasseurs. Mais malgré leur succès, un autre Matoran fut tué. Nidhiki se rendit compte que Tuyet était la meurtrière, et Lhikan alla immédiatement la mettre face à cela. Tuyet révéla ensuite qu'elle possédait la Pierre Nui, et utilisa ses pouvoirs d'absorption de Pouvoir Toa pour améliorer ses capacités élémentaires. Elle attaqua Lhikan, avec l'intention d'utiliser ses pouvoirs pour devenir l'unique dirigeante de Metru Nui. Nidhiki et Lhikan réussirent à la vaincre et Lhikan fit exploser la Pierre Nui avec du Feu, la détruisant. Tuyet fut emprisonnée, et durant sa captivité, elle fut emportée par un être nommé Botar, qui travaillait pour l'Ordre de Mata Nui. L'Ordre la plaça dans un univers sans Toa pour l'interroger sur la Pierre Nui. L'Ordre prit aussi une Tuyet d'un univers parallèle et la plaça dans la Fosse comme leurre.
Étude des Rahi Sous-Marins
Un jour, de nombreuses étranges créatures marines arrivèrent soudain sur Metru Nui. Les Vahki les menèrent dans une grotte sous les Archives, où ils furent étudiés en secret par les archivistes Whenua, Onepu, et Mavrah. Mais les créatures s'énervèrent, et endommagèrent une grande partie des Archives. Turaga Dume ordonna qu'ils soient évacués, mais les créatures s'enfuirent de la cité, menées par Mavrah, qui avait une grande passion pour les Rahi.
Guerre Toa/Chasseurs de l'Ombre
Après cela, le Ténébreux, dirigeant des Chasseurs de l'Ombre, souhaitait toujours établir une base pour son organisation de mercenaire dans Metru Nui. Mais Dume refusa, connaissant le mal de cette organisation.
Ce refus mena à une grande guerre entre les Toa et les Chasseurs de l'Ombre, avec Toa Lhikan menant les forces des Toa. De nombreux Toa donnèrent leurs vies pour Metru Nui. Mais finalement, la supériorité numérique des Chasseurs de l'Ombre donna à ces derniers un avantage. Pendant ce temps, une Chasseur de l'Ombre, Lariska, convainquit Toa Nidhiki de trahir ses frères et de rejoindre les Chasseurs de l'Ombre. Nidhiki finit par conclure un marché avec Lariska, pensant qu'il pourrait diriger la cité qu'il avait autrefois protégé. Nidhiki dit donc aux Toa restants que les Chasseurs de l'Ombre avaient établi une base dans un canyon d'une région de Po-Metru. Il prétendit qu'un assaut sur celle-ci pourrait achever la guerre. Menés par Lhikan, les Toa entrèrent dans ce canyon, mais tombèrent dans une embuscade des Chasseurs de l'Ombre. Cependant, Lhikan connaissait la trahison de Nidhiki et à son signal, des centaines de Toa se levèrent en haut des parois du canyon, encerclant les Chasseurs de l'Ombre. Lhikan laissa ses ennemis partir avec honneur, en échange qu'ils ne reviennent jamais sur Metru Nui et emportent Nidhiki avec eux. En tant que Chasseur de l'Ombre, Nidhiki entraîna des Chasseurs de l'Ombre sur Odina. Ce fut là qu'il rencontra Krekka, une grande brutte. Le Ténébreux forma une équipe avec Krekka et Nidhiki, faisant confiance à Krekka pour suivre ses ordres, alors que Nidhiki pourrait le trahir tout comme il avait trahi les Toa.
Ce partenariat dura longtemps, les deux Chasseurs tolérant la compagnie de l'autre, jusqu'à ce qu'un jour une étrangère nommée Roodaka apparaisse sur l'île des Chasseurs de l'Ombre, souhaitant être entraînée par les Chasseurs. Nidhiki la contacta, offrant ses talents en échange d'aide pour se libérer de l'emprise des Chasseurs, se fatiguant de sa vie dans l'organisation. Roodaka, étant malhonnête et traitresse, rapporta secrètement le mécontement de Nidhiki au Ténébreux en échange d'un entraînement. Mais le chef des Chasseurs de l'Ombre demanda plus, lui disant que Nidhiki devait être dépossédé de ses rêves de redevenir un « Toa ». Ensuite, Roodaka utilisa son Rhotuka sur Nidhiki, le mutant en hideuse créature à quatre jambes, lui enlevant ses pouvoirs élémentaires, et le privant de tout autre choix que se soumettre à la volonté des Chasseurs de l'Ombre.
Corruption des Makuta
Alors que les Makuta commençaient à planifier leur conquête, les Toa Hagah furent désignés comme gardes du corps de Teridax. En le protégeant des dangers, les Toa Hagah croyaient agir avec honneur. Rapidement, cependant, Toa Iruini partit, croyant qu'ils ne passaient pas assez de temps à s'occuper des problèmes des Matoran. Peu après cela, les Toa Hagah découvrirent la vérité. Quatre des Toa Hagah restants furent capturés, et transformés en « Rahaga » par l'impitoyable Roodaka. Toa Norik, le seul Toa libre restant, rechercha Iruini, et prit le Kanohi Avohkii aux Makuta, que ceux-ci avaient également volé à l'origine. À la forteresse de Destral, ils retrouvèrent leurs frères Toa, et les libérèrent, cependant, ce faisant, les deux Toa furent également transformés. Avec l'Avohkii, les Rahaga s'échappèrent à Metru Nui, se réfugiant dans les Archives.
Il y a environ 1 300 ans, Teridax infecta le Grand Esprit avec un virus, qui rendrait graduellement le Grand Esprit comateux.
Par la suite, Les Makuta commencèrent secrètement un génocide de tous les Toa du Fer et du Magnétisme, craignant les dommages qu'ils pouvaient faire à leurs armures.
Continuant son grand plan, Teridax emprisonna Turaga Dume, et prit sa place. Il apporta un Rahi, un Nivawk, pour l'aider à espionner la cité. Teridax envoya graduellement les Toa au loin pour fermer les Portes Maritimes, où ils furent tués par un Chasseur de l'Ombre qu'il avait engagé, Éliminateur. Le Chroniqueur de Metru Nui, Kodan, fut également tué lors de l'une de ces missions. Teridax engagea également Nidhiki et Krekka, pour l'aider dans diverses tâches sur Metru Nui
Finalement, seul Toa Lhikan resta, et il commença à avoir des doutes sur « Turaga » Dume. Il commença à prévoir de donner son Pouvoir Toa à six Matoran. Teridax anticipa cela, et influença télépathiquement Lhikan pour qu'ils choisissent six Matoran que les étoiles ne destinaient pas à être des Toa. Cependant, il s'agissait d'une ruse de Mata Nui et de son Ordre pour que Lhikan choisisse les bons Matoran malgré l'interférence de Teridax. Les six Matoran deviendraient bientôt les Toa Metru et sauveraient le cœur de Metru Nui du cataclysme à venir.
